1998年8月26日，学校党委、行政根据国家关于经济适用住房和筒子楼改造的有关文件精神，为改善教职工居住条件，加快筒子楼和危房改造以及学生食堂、宿舍的建设，在原总务处基建办的基础上成立了校跨世纪建设工程指挥部，主要负责制定建设工程项目实施过程中的各项政策、规定重大问题报校党党委常委会通过后实施；研究处理建设工程中遇到的重点问题。

2008年7月26日，为了加强对新校区建设的组织领导，加快新校区建设步伐，促进学校健康持续发展，经校党委常委会研究决定，将原跨世纪建设工程指挥部改名为新校区建设工程指挥部，并按照工作需要，调整内部职能机构，充实组成人员。新校区建设工程指挥部下设指挥部办公室，负责实施学校下达的各项工程建设任务，具体领导各职能小组的工作，研究处理工程项目实施过程中的各类问题。

2019年7月17日，学校党委常委会研究通过《西安建筑科技大学优化调整机关部门职能 深化内部管理体制改革方案》，将新校区建设工程指挥部和校园周边开放指挥部合并组建工程建设指挥部，不再保留新校区建设工程指挥部和校园周边开发指挥部建制。工程建设指挥部下设办公室、策划部、工程部三个处级机构，其主要职责是统筹负责学校工程建设项目的规划策划、组织实施和协调管理工作。调整后内设①综合管理科②规划与报建科③造价与合同管理科④基建工程管理科⑤材料管理科⑥周边开发建设与管理科。